自1987年全球揭櫫永續發展目標後，自然資源保育與環境保護議題已成為各國政府到民間所共同關注的焦點。在此重大轉折與背景下，為配合永續發展政策與跨領域管理廣大的人才需求，本所因時應勢，獲教育部核定，於民國82年8月1日正式成立，原名國立中興大學法商學院「資源管理研究所」；89年2月1日改制為國立臺北大學「資源管理研究所」，93年再更名為「自然資源與環境管理研究所」，成為國內第一個以培育自然資源與環境管理高等人才、整合自然與社會經濟領域為目標之教學研究機構。民國88年本所增設碩士在職專班，並於民國95年成立博士班。

本所為國內第一個跨社會科學與自然科學領域，強調以整合為理念、培育自然資源與環境管理高等人才為目標之學術機構。配合學校發展計畫，本所採學術研究與教學並重之理念，結合自然科學與社會科學領域之師資與專業知識，以跨領域科際整合方式，一方面迎合全球環境永續之發展趨勢及教學研究潮流，另一方面配合國家長期經濟發展與環境保護所需，務實規劃課程內容，及安排適當企業實習機會，提供自然資源與環境管理的專業訓練，以達成增進生活環境品質，落實自然資源和生態環境保育，並提升整體資源配置效率、達成永續利用的最終目標。具體而言，本所之設立乃以3E (Environment- Economy -Energy) 整合為理念，思維自然環境資源與經濟社會發展之關係（如圖），據以建構教學研究目標。

本所目前訂有短中長程發展計畫，短期目標為積極擴充師資、調整課程結構、爭取經費改善學習軟硬體設施，並已獲致一定成效；中程計畫則為設立自然資源與環境相關領域之學系；長程規劃則為結合校內相關系所，以爭取環境學院之設立。期能以自然資源與環境管理議題的教學與研究為核心，培育專業人力，投入國家經濟建設工作，促使經濟發展得以兼顧自然資源與環境生態的保育，同時為臺北大學擴增新視野與新學術範疇，更期為臺灣培植兼具社會科學與自然科學素養之自然資源與環境管理人才。