本所培育研究生有一貫既定之教育目標，針對目前大學教育普遍且趨向通材教學的模式，因應更多不同領域之學子報考本所，逐年透過所務會議於師資與課程結購、教學方法、設備增購、議題發展等方面逐步改善，期能跟隨時局之發展，掌握最新資訊，並以專業的學術研究能力貢獻社會大眾。
在本校「培育兼具跨界專業核心能力與社會關懷之優質現代公民」總體教育目標，本所教育目標可分述如下：
（1）掌握自然資源與環境管理領域之學術研究與政策實務的國際潮流
伴隨全球經濟的快速發展，自然資源折耗與環境生態質損問題日益嚴重，特別是全球暖化與氣候變遷問題，使兼顧經濟發展與環境品質維護的永續發展問題，成為全球共同努力的目標。進而，全球刻正積極檢討與反省人類追求無止境的經濟發展，所引發之全球性及地方性自然資源保育與環境保護問題，並探討其成因及影響程度，並積極研提因應及解決措施。
全球暖化與氣候變遷因應，已成為本世紀人類面臨的最重要環境與資源保育施政課題，衍生出綠色成長與綠色經濟發展等重要新興領域。掌握此國際潮流趨勢，將有助研究領域定位與價值，以及提供國家永續發展之政策思考。進一步展望各國低碳甚或零碳之政策發展趨勢，低碳能源、低碳生產、低碳消費、淨零排放願景與負碳經濟發展，儼然已是未來另一波研究教學之發展方向。
本所課程規劃隨國際發展趨勢持續修正，目的在於透過課程設計，提供本所學生最新國家發展趨勢，及衍生的重要研究課題，引導學生掌握國際環境與資源相關領域研究課題與政策思考脈動，培養地球公民的視野與價值觀。
（2）培育國家長期發展所需之自然資源與環境管理的人力需求
我國經濟發展成就，已普遍獲得世人肯定，然而，以管理取向為核心之自然資源專業人力的培育，無論就國家教育資源的投入或人力的質與量而言，則明顯落後於環境工程與技術人力的培育甚多，以致目前國內從事環境管理業務之專業人力，多由工程技術背景之人力充任。特別是新興的氣候變遷因應及淨零排放政策管理人才需求，因此，影響所及，使環境管理領域中之人文社會、資源經濟及環境管理的專業能力難以發揮，從而，削弱相關環境與自然資源政策與國際趨勢的掌握與接軌能力。
就配合國家長期發展所需之自然資源與環境管理與政策的人力需求而言，永續發展的理念是近年來我國重大經濟建設所努力落實的目標。無論是政府部門開發案之環境影響評估，抑或私部門倡導綠色生產與環保標章的推行，均可見永續發展理念持續不斷推行。行政院為因應經濟發展、產業結構轉型及提升國家競爭力，於民國97年公布國家「永續能源政策綱領」，101年6月核定「國家氣候變遷調適政策綱領」，106年2月核定「國家因應氣候變遷行動綱領」，109年2月核定之新版「國家環境保護計畫」。法律的制定方面，104年7月總統公布施行的「溫室氣體減量及管理法」，以及於110年10月預告修正「氣候變遷因應法（草案）」，都揭示國家長期溫室氣體排放目標，將以低碳甚至淨零排放為主軸。爰此，因應氣候變遷與能源永續發展轉型之際，經濟社會各領域將衍生龐大的自然資源與環境管理人才需求。
因應此一新興型態人力需求之際，本所致力於培育自然資源與環境管理領域之高階人才，強化社會科學與工程科技之跨領域人才培育，以橋接經濟社會科學與環境工程技術之間隔，提升自然資源管理、環境保護政策、甚或氣候變遷因應的研究教學量能，促成國家的綠色經濟與零碳發展，並進而躋身於先進國家之列。
（3）推展自然資源與環境管理相關理論與實務之科際整合
本所課程的設計與開設，乃結合全球環境問題發展趨勢與本國環境、生態及資源配置問題之特性，涵蓋範疇除落實在地關懷外，更擴及氣候變遷議題與永續發展趨勢的掌握。在此前提下，本所的課程架構設計包括環境與自然資源領域之經濟與政策分析、系統規劃與評估、科技與綠色管理三主軸。
環境/自然資源經濟與政策分析：乃結合經濟學、法律學、社會學、區域科學、都市計劃、管理學與決策科學之理論與方法論，應用於環境系統與經濟系統間互動關係及相關政策議題之研究。專業領域之研究課題則著重全球變遷經濟與政策、潔淨能源開發利用政策、能源效率與節約、能源市場自由化、排放權交易制度、以及資源循環再利用政策。
環境/自然資源系統規劃與評估：強調生態保育、生態系統的平衡性與完整性，降低生態環境管理之不當對社經體系的衝擊，課程規劃上，除以生態學基本原理為核心外，管理上則以各類環境課題為經，生態保育、品質與衝擊評估、系統規劃與政策評估為緯。研究主題包括生態保育與管理策略、區域發展與流域規劃管理、自然資源價值評量、環境風險管理、生態旅遊、生物多樣性管理、保護區規劃、近自然生態工法等。
環境/自然資源科技與綠色管理：因應全球追求永續發展的趨勢，綠色消費與生產（甚或低碳消費與生產）已成為未來經濟發展模式，為維持產業市場競爭力，以及永續發展與經營之目標，整合產業環境管理專業人力為目標，課程開設之重點包括：產品生命週期管理、環境成本會計、環境成本效益評估、綠色生產力與工業生態學、環境管理與產業投資決策、以及環境管理績效評估等。
本所教育目標乃配合台北大學教育目標，與公共事務領域發展關係密切。國立臺北大學自中興大學法商學院時期以來，即以社會科學領域之教學與研究為發展主軸，績效卓著。自然資源與環境管理研究所除現有師資基礎外，本校都市計劃研究所具有專精環境規劃與環境政策評估之師資，公共行政暨政策系所亦有環境政策之學科，經濟系所則有專精環境資源經濟之學科，其他相關系所如法律系、社會系等，皆可提供相關領域之師資及研究支援。民國89年2月改制國立臺北大學以來，本校更以晉陞一流之研究大學為辦學標的，除現有之學系整合而成之五大學院外，目前已籌設科技相關學院。本所部分研究範疇係屬公部門之環境與資源管理議題，故編制於公共事務學院內。
本所之碩博士班教育目標與台北大學『培養兼具跨界專業核心能力』與『社會關懷優質現代公民』的教育目標皆可完全契合（如下圖）。自然資源與生態環境的關懷和積極作為，已是無法逆轉的國際主流，也是社會關懷的最實質表現與最高情操、與現代優質公民的基本素養，更是維護人類社會公平與正義和持續發展所必要。而本所教育目標所強調的跨領域科際整合，即為了培植跨界整合的特殊專業能力。博士班教育目標，除了養成學生對於人類社會生存發展的高度關懷與認知外，更期培養具有創新研究、政策實務、與領導能力的跨領域高級專業人才。因此，本所教育目標，與台北大學所追求之教育願景【追求真理服務人群】，無論在方向與內涵上均相當一致。
