本所教學與研究主題和內容，主要結合全球環境問題發展趨勢與本國環境、生態及資源配置問題之特性，涵蓋範疇除落實在地關懷外，更擴及氣候變遷議題與永續發展趨勢的掌握。在此前提下，本所的課程架構設計包括環境與自然資源領域之經濟與政策分析、系統規劃與評估、科技與綠色管理三主軸：

環境/自然資源經濟與政策分析：

乃結合經濟學、法律學、社會學、區域科學、都市計劃、管理學與決策科學之理論與方法論，應用於環境系統與經濟系統間互動關係及相關政策議題之研究。專業領域之研究課題則著重全球變遷經濟與政策、潔淨能源開發利用政策、能源效率與節約、能源市場自由化、排放權交易制度、以及資源循環再利用政策。

環境/自然資源系統規劃與評估：

強調生態保育、生態系統的平衡性與完整性，降低生態環境管理之不當對社經體系的衝擊，課程規劃上，除以生態學基本原理為核心外，管理上則以各類環境課題為經，生態保育、品質與衝擊評估、系統規劃與政策研擬為緯。研究主題包括生態保育與管理策略、區域發展與流域規劃管理、自然資源價值評量、環境風險認知、生態旅遊、生物多樣性管理、保護區規劃、生態工法與復育等。

環境/自然資源 科技與綠色管理：

因應全球追求永續發展的趨勢，綠色消費與生產（甚或低碳消費與生產）已成為未來經濟發展模式，為維持產業市場競爭力，以及永續發展與經營之目標，整合產業環境管理專業人力為目標，課程開設之重點包括：產品生命週期管理、環境成本會計、環境成本效益評估、綠色生產力與工業生態學、環境管理與產業投資決策、以及環境管理績效評估等。